建設立足海洋經濟創(chuàng)新發(fā)展區(qū)域規(guī)劃和國家需求、學科建設和漁業(yè)發(fā)展需要，瞄準海洋經濟創(chuàng)新發(fā)展之海洋生物資源綜合利用和質量安全的重大科技問題及學科前沿應用基礎研究和行業(yè)發(fā)展關鍵技術，著力提升科技協(xié)同創(chuàng)新能力和服務能力，積蓄前瞻性技術儲備，加快科技成果的產業(yè)化，成為集應用基礎研究、技術開發(fā)、推廣示范于一體的重要基地。
該工程研究中心的建設以黃海水產研究所為主要技術依托，運用國內、外先進的工程技術和生化技術、現(xiàn)代加工工藝和系統(tǒng)設計理念，建設成為山東生物海洋資源加工領域的研發(fā)公共服務平臺，成為海洋生物制品產業(yè)科技創(chuàng)新、成果轉化和加工示范的重要基地和人才培養(yǎng)、國際交流的載體。
工程研究中心根據(jù)我國海洋產業(yè)需求及主要學科帶頭人的研究方向，分為5個研究方向，分別為：海洋食品精深加工、大宗水產品及副產物綜合利用、海洋生物資源加工質量安全控制與風險評估、海洋產物資源與生物轉化工程、海洋生物清潔生產過程調控技術研發(fā)。
1.海洋食品精深加工技術
主要開展的研究工作根據(jù)產品種類分為兩大方向，海參精深加工技術開發(fā)及質量控制體系建立與經濟魚類、貝類高值化加工利用。
2.大宗水產品及副產物綜合利用
主要開展的研究工作包括大宗海洋低值魚類高值化加工技術、大型海藻資源綜合利用加工技術和南極磷蝦精深加工技術的研發(fā)工作。
3.海洋生物資源加工質量安全控制與風險評估
主要開展的研究工作主要面向我國主要水產加工產品，形成完整的質量評價及安全體系，建立引領行業(yè)科學規(guī)范化發(fā)展的行業(yè)標準體系和食品安全與質量控制平臺。
4.海洋產物資源與生物轉化工程
篩選海洋產物資源的新功能，發(fā)現(xiàn)和創(chuàng)造新型生物催化劑、創(chuàng)新藥物和生物制品，完善海洋微生物與酶工程的理論和方法，形成海洋產物資源前期基礎和應用研究的合理體系。
5.海洋生物清潔生產過程調控技術研發(fā)
以海洋生物清潔生產過程調控及技術研發(fā)為主要研究方向，以海洋生物生產過程營養(yǎng)元素的系統(tǒng)流動和生態(tài)影響機制為基礎，開展清潔生產過程養(yǎng)殖環(huán)境優(yōu)化新技術、新工藝、新產品的研究與開發(fā)；進一步查明養(yǎng)殖系統(tǒng)中主要外源危害因素（微生物、藥物、重金屬等）對養(yǎng)殖動物、微生物群落、理化因子的長期影響及環(huán)境對危害因子的消除作用，建立海洋生物清潔生產過程及產品質量安全調控技術。
