日前，在國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃和貝類產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系等項(xiàng)目支持下，黃海水產(chǎn)研究所王崇明研究員團(tuán)隊(duì)、楊愛國研究員團(tuán)隊(duì)與德國阿爾弗雷德·韋格納研究所赫爾姆霍茲極地和海洋研究中心Umberto Rosani博士等合作，成功破譯魁蚶基因組，研究成果于7月9日正式發(fā)表在GigaScience雜志。該研究利用第二、三代測(cè)序和Hi-C染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)，構(gòu)建了國際上首個(gè)染色體水平的蚶科動(dòng)物基因組參考圖譜。研究揭示魁蚶基因組大小為885 Mb，Scaffold N50達(dá)到45 Mb，利用Hi-C技術(shù)成功將99.35%的組裝序列掛載到染色體上，經(jīng)進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)魁蚶基因組中重復(fù)序列高達(dá)408 Mb，占基因組總長的46%。

魁蚶俗稱赤貝、血貝、大毛蛤，是一種大型海洋底棲經(jīng)濟(jì)貝類，廣泛分布于太平洋西北部的日本海、黃海、渤海及東海沿岸，成貝個(gè)大體肥，肉質(zhì)鮮美，經(jīng)濟(jì)價(jià)值較高。近年來，我國魁蚶苗種生產(chǎn)和增養(yǎng)殖規(guī)模不斷擴(kuò)大，經(jīng)濟(jì)和社會(huì)效益顯著，然而其種質(zhì)質(zhì)量下降、病害高發(fā)等問題日趨嚴(yán)重。魁蚶及蚶科貝類基因組信息的匱乏成為我們理解其抗病、抗逆機(jī)制的障礙，破譯魁蚶基因組信息、開展重要性狀遺傳改良成為當(dāng)下的重要課題。該項(xiàng)研究成果為蚶科貝類抗病抗逆、生長發(fā)育等重要性狀的遺傳解析以及種質(zhì)改良等相關(guān)研究提供了重要理論支撐。

黃海水產(chǎn)研究所白昌明博士、辛魯生博士為該論文的共同第一作者，王崇明研究員為該論文的通訊作者。

全文鏈接：Chromosomal-level assembly of the blood clam,Scapharca(Anadara)broughtonii, using long sequence reads and Hi-C

https://academic.oup.com/gigascience/article/8/7/giz067/5530322